Итак, летом 1990 года Ульф Кирстен стал игроком леверкузенского «Байера». Его переход обошёлся клубу в 3,6 миллиона марок. За полгода до этого в Леверкузен перебрался и Андреас Том – за 2,75 миллиона марок. Менеджер «Баварии» Ули Хёнесс летом 1990 года на вопрос журналиста, не хочет ли мюнхенский клуб купить кого-нибудь из игроков из ГДР, ответил, что с радостью готов, но Леверкузен и Гамбург уже всех раскупили: в «Гамбург» перешли плеймейкер сборной ГДР Томас Долль и либеро Франк Роде. Роде отыграет в «Гамбурге» 3 сезона и завершит карьеру, Долль уже летом 1991 года уедет в «Лацио», Том будет играть за «Байер» до 1995. Кирстен же закончит карьеру в «Байере» в 2003 году. Такова судьба первых футболистов с востока в их первых западных клубах. Но обо всём по порядку.
Конечно, Кирстену было трудно привыкнуть к новому укладу жизни. Как в быту, так и в команде. Нет сборов, предматчевых карантинов, тренировки реже. Помогало присутствие рядом семьи и то, что в команде был его закадычный приятель Андреас Том, который уже успел адаптироваться в Леверкузене. Самым же большим потрясением стало то, что на матчи «Байера» ходило очень мало болельщиков – в среднем около 11 тысяч. Привыкший к бешеной поддержке в Дрездене Кирстен даже бросил по неопытности фразу, что он не хочет играть для такого малого числа фанов. Газетчики тотчас заклеймили выходца с востока.
Первый сезон в составе «Байера» сам Кирстен провёл средне, он немало забивал, но реализация голевых моментов оставляла желать лучшего. Дошло до того, что журнал «Киккер» даже обозвал Кирстена «убийцей шансов». Начало чемпионата удалось – в первых четырёх играх Кирстен забил два гола, открыв счёт своим голам в первой же игре первенства – в Мюнхене он забил гол «Баварии», итог той встречи — ничья 1:1, после 13 игр на счету Кирстена было 5 мячей. Но затем результативность упала. Причиной тому стал ставший легендарным леверкузенский «чёрный список», составленный тренером Гельсдорфом и менеджером Кальмундом, куда попали те игроки, которых клуб решил продать – Кирстена хотели купить «Бари» и «Верона», и он оказался в этом списке. Футболисты из списка не выходили в основном составе, поскольку Гельсдорф считал глупым наигрывать тех, кто уйдёт. В итоге для команды в целом сезон вышел неудачным, в клубе возникли группировки. Раздираемый внутренними противоречиями «Байер» занял в чемпионате лишь восьмое место — непопадание в еврокубки, последовал вылет из 1/8 кубка УЕФА после разгромного поражения от «Брондбю», также уже во втором раунде команда выбыла из кубка Германии. В результате после полугода слухов об отставке в мае 1991 года был уволен главный тренер Гельсдорф. Его место занял известный в Германии специалист Райнхард Зафтиг. Кирстен сказал в интервью журналу «Шпорт-Бильд», что он рад уходу Гельсдорфа. «Байер» нещадно критиковался в прессе – ведь перед стартом чемпионата боссы клуба делали заявления о намерении бороться за чемпионство. Между тем бывшая команда Кирстена «Динамо», делами которой он очень интересовался, дошла до четвертьфинала кубка чемпионов и заняла второе место в последнем чемпионате ГДР, получив право войти в новую общегерманскую бундеслигу.
В концовке сезона к руководству «Байера» обратилась итальянская «Верона» с просьбой продать Кирстена. Сделка была заключена, Кирстен уже присмотрел себе дом в Вероне. Но в последний момент клубы не сошлись в цене, и переход сорвался.
Между тем перед стартом чемпионата 1991/92 – первого в истории объединённой Германии – новый тренер сказал, что не видит Кирстена в основном составе — трио форвардов должны были составить Том, молодой Хайко Херрлих, с которым Кирстен находился в натянутых отношениях, и польский нападающий Лесняк. Так новый сезон Кирстен начал на скамейке запасных. Однако слабая игра Лесняка и длинный язык Херрлиха дали шанс Кирстену, но тут в дело вмешалась травма. В результате из 38 матчей чемпионата (в том сезоне в бундеслиге играли 20 клубов) Ульф сыграл 23, забив в них 12 голов. Для клуба сезон оказался не вполне удачным – итоговое шестое место, одного очка не хватило для завоевания путёвки в кубок УЕФА. Причём развязка в последнем туре была трагична. «Байер» принимал дома «Штутгарт» Кристофа Даума, которому позарез нужна была победа – на кону стояло чемпионство. Леверкузенцам победа нужна была для того, чтобы занять пятое место и попасть в кубок УЕФА. «Байер» остро атаковал, открыл счёт, затем за вторую жёлтую карточку был удален лидер «Штутгарта» Матиас Заммер. Но гости сумели в меньшинстве не только сравнять счёт, но и вырвать победу — 2:1, «Штутгарт» празднует чемпионский титул, Заммер утешает Кирстена и Тома, чья команда осталась без еврокубков.
Самым приятным событием года для Кирстена стало рождение дочери Дженни.
Сезон 1992/93 Кирстен начал твёрдым игроком основного состава – Лесняка продали, Херрлиха усадили на скамейку, и впереди играл тандем Кирстен-Том, прекрасно взаимодействовавший друг с другом. «Байер» демонстрировал отличную результативность, показывал самую зрелищную игру в чемпионате. Однако конфликт тренера Зафтига с руководством привёл к увольнению наставника за несколько туров до финиша первенства. Новым главным стал югослав Драгослав Степанович, сделавший имя работой в «Айнтрахте» и проповедовавший остроатакующий футбол.
В итоге из 64 голов команды Кирстен и Том забили на двоих 33, причём Ульф с 20 мячами стал вместе с Энтони Йебоа из франкфуртского «Айнтрахта» лучшим бомбардиром первенства. Леверкузенцам лишь двух очков не хватило на финише до третьего места – они заняли пятое место. Но крупный успех пришёл в кубке Германии – «Байер» впервые в своей истории завоевал почётный трофей, обыграв в финале любительскую команду «Герты» (единственный случай в почти столетней истории кубка, когда любители дошли до финала). Леверкузен ликовал! Кирстена, автора единственного гола в матче, болельщики, которых на трибунах стало заметно больше, признали лучшим игроком команды, Берти Фогтс пригласил его в сборную.
В сезоне 1993/94 годов «Байер» добился лучшего в истории результата – в чемпионате команда заняла третье место. Причём перед зимним перерывом леверкузенцы даже лидировали. Атакующая линия клуба в составе купленного перед сезоном бразильца Паулу Сержио, Кирстена и Тома при активной поддержке вернувшегося из Испании ветерана Бернда Шустера полностью оправдала надежды тренеров и руководства. Паулу Сержио забил 17 голов, Том восемь, Кирстен двенадцать. Неплохо выступил команда и в кубке кубков. Пройдя «Брно» и «Панатинаикос» (причём греки были разгромлены в Афинах со счётом 4:1 – 2 мяча забил Кирстен), «Байер» уступил дорогу в полуфинал «Бенфике». Кирстен неоднократно попадал в символическую сборную туров по версии «Киккера», получал вызовы в сборную, поехал на чемпионат мира в США. Всего Кирстен провёл 28 игр в чемпионате (12 голов), 4 встречи в еврокубке (5 мячей).
Перед стартом первенства Германии 1994/95 Кирстен пережил ситуацию, схожую с той, что была в конце 80-х в дрезденском «Динамо». Многие считали, что именно «Байер» опередит «Баварию» и станет чемпионом. Тем более, что команда заметно усилилась – в «Байер» пришёл вернувшийся из заграничных странствий Руди Фёллер. Атакующая мощь клуба выглядела очень внушительно. Но на одной атаке далеко не уедешь – в чемпионате клуб играл неровно, много забивал, но и пропускал немало. В довершение всего разругался с руководством и тренерами Андреас Том, покинувший команду по завершению сезона. Кирстен и Фёллер забили в чемпионате 31 гол на двоих из 62 мячей команды. Но этих усилий хватило лишь для занятия седьмого места. Зато в кубке УЕФА «Байер» едва не повторил свой успех 1988 года. Лишь в полуфинале аспириновая команда была остановлена «Пармой». Кирстен, забив 10 голов в 9 играх, стал лучшим бомбардиром розыгрыша.
В новый сезон 1995/96 годов команда вступала с новым тренером – вместо Степановича клуб возглавил Эрих Риббек – культовый герой Леверкузена – человек, приведший «Байер» к победе в кубке УЕФА-1988. Стартовали аспириновые отменно – после 5 туров шли вторыми, после десяти третьими. Кирстен исправно забивал в дебюте первенства. Что случилось потом, трудно объяснить. Команда стала «валиться». Возникли трения в коллективе – поссорился с Риббеком Бернд Шустер, не лучшие отношения были между Шустером и Фёллером, Риббек потерял контроль над командой. Только в последнем туре, сыграв вничью с «Кайзерслаутерном», клуб сохранил место в бундеслиге – 14 место. Для Кирстена вторая половина сезона стала кошмарной – он забил за второй круг лишь один гол. Трижды был вынужден пропускать игры из-за дисквалификаций – всего «заработал» 9 жёлтых и 1 красную карточки.
Вообще Кирстен заработал репутацию крайне жесткого футболиста его удаляли за ругань с судьей, грубейшие подкаты, за удары соперника.
Подвел он команду в матче 27 тура чемпионата 1995/96. Вначале он на 6 минуте открыл счет, но уже к 28 минуте схлопотал 2 желтую карточку и команда закончила матч вничью 1:1.
По завершении сезона генеральный менеджер Райнер Кальмунд назвал имя нового главного тренера – им стал Кристоф Даум, сильнейший наряду с Оттмаром Хитцфельдом и Отто Реххагелем клубный тренер страны. С его именем связан взлёт леверкузенского клуба. С появлением Даума сильно выросла результативность Кирстена. Именно этот тренер поставил «Байеру» ту игру, против которой не многие команды Европы могли найти противоядие.
В карьере Кирстена, как и в истории «Байера», началась новая веха.