Вопреки всей логике футбола, после триумфа 1988 года лучшие футболисты стали покидать команду. Ушел бразилец Тита, покинул союз и тренер Риббек. Тем временем, Райнера Кальмунда повысили до менеджера клуба.
Отметим, что в финансовом положении «Байер» все же уступал сильнейшим командам ФРГ, а потому объединение Германии, произошедшее в начале девяностых, позволило союзу привлечь под свои знамена сильных, но относительно дешевых игроков из бывшего ГДР. Так, летом 1990 года Ульф Кирстен стал игроком леверкузенского «Байера». Его переход обошёлся клубу в 3,6 миллиона марок. За полгода до этого в Леверкузен перебрался и Андреас Том – за 2,75 миллиона марок.
Менеджер «Баварии» Ули Хёнесс летом 1990 года на вопрос журналиста, не хочет ли мюнхенский клуб купить кого-нибудь из игроков из ГДР, ответил, что с радостью готов, но Леверкузен и Гамбург уже всех раскупили. Том будет играть за «Байер» до 1995. Кирстен же закончит карьеру в «Байере» в 2003 году. Такова судьба первых футболистов с востока в их первых западных клубах.
В первый же игровой день «Байеру» предстояло отправиться в Мюнхен, к действующему чемпиону Германии. 11 августа 1990 года Ульф 'Der Schwatte' Кирстен, который перешел в «Байер» из дрезденского «Динамо», сыграл свой первый матч в Бундеслиге(из 350) за чёрно-красных. Через 63 минуты он открывает счет в матче, после передачи Йоана Лупеску. Матч завершился ничьей, 1-1. Следом за Андреасом Томом Ульф Кирстен стал вторым игроком из ГДР.
Несмотря на довольно неубедительную игру «Байера» в первой половине сезона, отставание от лидирующего, на тот момент, «Вердера» составило всего четыре очка. За тремя ничьими на старте сезона последовали четыре победы, а затем команда едет в гости к, на тот момент лидеру, «Кайзерслаутерну». Несмотря на хороший первый тайм на перерыв «Байер» ушел уступая в счете 0-1. Матч закончился поражением 1-2, а Жоржиньо был удален на 70 минуте. Потом до зимнего перерыва леверкузенцы смогли одержать только одну победу, в дерби с «Кёльном» 2-0, но отставание от первого места оказалось невелико.
В первых двух раундах Кубка УЕФА «Байер» прошел такие команды, как «Твенте» и «Катовице», но уже в 1/8 финала проиграл датскому «Брондбю». Поражение в гостях 0-3 оказалось слишком чувствительным, чтобы отыграться в ответном матче на «Ульрих Хаберланде». Несмотря на 90 минут упорной работы «Байер» смог добиться только безголевой ничьи.
Впервые в истории «Байера» у футболистов на футболках появилась реклама какого-нибудь бренда. На футболках красовалась надпись 'Talcid' и разноцветный хамелеон. Тальцид являлся продуктом компании Байер, который применялся при расстройствах желудка, изжогах, вздутиях и болях в животе. Игроки «Байера» стали носить форму с новым спонсором только с начала второго круга, с матча против «Баварии», который состоялся 23 февраля 1991 года. В дополнение, новый спонсор дарит болельщикам «Байера» огромный баннер. В матче против «Баварии», на который были раскуплены почти все билеты, леверкузенцы впервые в истории вышли на игру без креста «Байера» на груди.
Также в матче с «Баварией» клуб представил новую фанатскую песню под названием "Карнавал в Байере", которая включала в себя микс разных песен фанатов со стадиона.
После начала войны в Персидском заливе в Ираке и связанного с этим всеобщего страха перед террористическими атаками, «Байер» отменил плановый тренировочный лагерь во Флориде. Bayer AG запретил всем своим работникам деловые перелеты, и хотя клуб никак к ним не относился, он не мог не прислушаться к данной рекомендации. Команда обсудила проблему и устроила голосование, по результатам которого большинство было против полета. Это означало, что тренировочные лагерь в теплой Флориде был отменен, и команда отправилась на тренировки в Кёнигсвинтер и Тиммендорфер-Штранд, где температура опускалась до -17°.
Вторую половину сезона «Байер» начал с двух поражений. Юрген Гельсдорф и его игроки находились под давлением. После очень трудной и неубедительной домашней победы 1-0 над «Байером 05 Юрдинген», леверкузенцам предстояла решающая игра в Ваттенштайде. «Байер» все еще находился в непосредственной близости от места квалификации в Кубка УЕФА, но выступления были недостаточно хороши, чтобы смотреть в будущее с позитивом. В Ваттенштайде «Байер» вырывает победу 2-1, забив на 87 минуте, отличился Жоржиньо. А следующая домашняя игра заканчивается победой над берлинской «Гертой» со счетом 3-1. На несколько дней в клубе воцарилось спокойствие и уверенность, но перенести их на поле команда не смогла. 31 мая 1991 года, на следующий день после поражения в Айнтрахте со счетом 1-3, главный тренер Юрген Гельсдорф был уволен, а его помощник Петер Херманн на два последних матча стал врио главного тренера.
DFB хотел запретить стоячие места на стадионах Бундеслиги. В этот игровой день, на всех стадионах ФРГ прошли протесты болельщиков против данного изменения, в том числе и на стадионе «Ульрих Хаберланд». Под слоганом 'Sitting is for your arse' перед началом матча болельщики выкладывали свои плакаты на пустом секторе, чтобы подчеркнуть необходимость стоячих мест. В Леверкузене 13 апреля 1991 года на блоке А, где обычно находился фанатский сектор леверкузенцев в то время, вы можете увидеть такие плакаты, как "Скорее иди домой, если не можешь больше стоять", "Мы стоим за футбол" и "Люди слишком спокойные, когда сидят".
7 ГОЛЕВЫХ
«Динамо» Дрезден
«Динамо» Бухарест
«ПСВ» Шверин
«Кайзерслаутерн»
?
«Фортуна» Дюссельдорф
«Динамо» Берлин
«Юрдинген 05»
?
«Оснабрюк»
«Мюнхен-1860»
«Эльверум»