Во время Второй Мировой войны "Betriebssportgemeinschaft der I.G. Farbenindustrie AG" (так назывался "Sportvereinigung Bayer Leverkusen 04" в начале 1940-х), старался продолжать заниматься спортом. С каждым годом это становилось все сложнее. Тем не менее, соревновательные матчи проводились, как по гандболу, так и по футболу. Одна игра на стадионе "Виктория Кёльн" длилась шесть часов, потому что футболистам и зрителям приходилось часто прятаться в бомбоубежища из-за воздушной тревоги. Стартовые составы также постоянно менялись: одни игроки возвращались домой в отпуск, других призывали. Игроки, закрепленные за зенитными частями, которые находились поблизости, собирались для игр, а потом возвращались обратно. Игры с переменным успехом продолжались, и это приносило облегчение в такие темные времена. Гандболисты и спортсмены, чтобы обеспечить возможность проведения матчей и соревнований, решают объединить "TuS 04 Leverkusen" и "Betriebssportgemeinschaft".
Перед окончанием войны, в январе 1943 года, "Betriebssportgemeinschaft" снова переименовывается в "Sportvereinigung Bayer Leverkusen 04". Стадион 'Am Stadtpark' до сих пор остается домашним полем команды, а с 1941 года здесь еще появилась красивая трибуна. На первый план всё больше и больше стали выходить молодые игроки, в том числе один, который был ключевой фигурой «Байера» вплоть до 1950-х годов: Ричард Джоб. Поддерживаемый своим братом Германом, он был созидателем и лидером клуба. Он получил прозвище "Король Ричард" не только из-за имени, но и благодаря его игре на поле. Он был важнейшей частью нашей команды на протяжении почти 20 лет, кроме сезона 1949/50 - но об этом позже".
Первые послевоенные чемпионаты в окрестностях Кёльна начинаются в ноябре 1945 года. Однако сначала нужно было убрать бейсбольное поле, построенное американцами. Леверкузенцы провели отличный первый год и финишировали вторыми.
Сезон 1948/49 принес первую большую игру против «Кёльна». Обе команды были чемпионами в своих лигах Рейнского округа и встретились в матче за выход в Западную Оберлигу. "Sportvereinigung Bayer 04 Leverkusen", так наш клуб назывался с декабря 1948 года, впервые проводит короткий тренировочный сбор на базе отдыха "Байер" в Дабрингхаузене/Гроссе-Леддере, где они усиленно готовились к предстоящим матчам в сельской идиллии. Первый матч между двумя соперниками проходит перед 22.000 зрителей на Кёльнском велотреке в Мюнгерсдорфе. 5.000 болельщиков Леверкузена сопровождают команду с маленькими черно-красными флажками. Отправление в 12:00 от ратуши Леверкузена - 300 человек одновременно садится на трамвай, который едет прямо на стадион в Кёльне.
Листовка призывает болельщиков на выезде скандировать "Лееее-вер-кууу-зен", чтобы поколебать уверенность соперника. К сожалению, это не сработает, как предполагалось. Относительно беззащитная, и вероятно не подготовленная к такому большому количеству болельщиков, команда «Байера» проиграла со счетом 0-2 и перед ответным матчем была не в лучшем положении. Прежде всего, Ричард Джоб не показывает свой привычный уровень, из-за восстановления после травмы колена. Руководство клуба запрещает ему контактировать с «Кёльном» и накладывает клубный бан. «Байер» играет без своего лучшего игрока, и ни возражения со стороны партнеров по команде, ни со стороны болельщиков не оказывают нужного воздействия на руководство. Ричард Джоб держится в стороне от всех слухов, но дает интервью газете: "Все выдвинутые против меня обвинения и слухи о возможном переходе в "Кёльн" совершенно безосновательны. У меня были предложения со всей Германии в течение многих лет. И не думаю, что я такой единственный. Заявление, перед игрой в Кёльне, которое мне приписывают, будто это мой последний матч за «Байер», я не говорил, так что я обязан отвергнуть обвинения клуба в грубом неспортивном поведении и поведении, которое может нанести вред команде". В ответном матче он не играет и фактически покидает наш клуб после игры. Он присоединяется к клубу "Фойсвинкель" на год.
Ответный матч был сыгран 15 мая 1949 года - перед 14.000 зрителей на 'Am Stadtpark'. В первом тайме «Байер» отлично боролся при оглушительной поддержке леверкузенской молодежи. После первого тайма счет был 1-1, но, к сожалению, во второй половине игры команда устала. «Кёльн» побеждает со счетом 3-1 и зарабатывает повышение в Западную Оберлигу. С сезона 1949/50 самая престижная лига на Западе, Западная Оберлига, была расширена на четыре команды. Это дало нашей команде второй шанс, но она не смогла им воспользоваться, проиграв со счетом 0-1 «Шальке» и победив клуб «Бенрат» со счетом 1-0.
Через пару недель были заложены основы для будущего процветания нашего клуба. На годовом собрании 18 июля 1949 года, 400 членов совета правления согласились на введение контрактов для игроков. На деле это привело к тому, что футбольное подразделение разделилось на секцию для игроков с контрактами и секцию любителей. Как мы теперь знаем, это решение заложило основу для следующих десятилетий, а также привело к краткосрочному успеху уже пару лет спустя, в 1950-х годах.
