К началу 1960-х годов в Леверкузене сформировалась команда собранная из доморощенных игроков и молодых игроков, приобретенных из других клубов. С доморощенным Вернеру Рёригу, Хайнцу Хёхеру и Гюнтеру Хаарманну присоединились Уве Климашевски, Манфред Манглиц, Вернер Торнер, Вернер Гёртс и Ханс-Отто Петерс. Эта команда снова захватила умы болельщиков, и клуб снова вернулся в Западную Оберлигу в сезоне 1961/62.
К сожалению, после шести лет во втором дивизионе позднее повышение в классе не позволило команде сразу попасть в новообразованную Бундеслигу в 1963 году. В сезоне 1962/63 минимальной целью команды было не закончить год в самом низу, что позволяло попасть в вновь сформированную Западную региональную лигу, вторую по силе после Бундеслиги.
Давайте пристальнее обратим внимание на то, какие качественные футболисты были собраны в команде: шесть будущих игроков Бундеслиги (Манфред Манглиц, Хайнц Хёхер, Вернер Гертс, Уве Климашевски, Вернер Бискуп и Ханс-Отто Петерс), будущий игрок сборной (Манфред Манглиц), игрок сборной U-23 и будущий лучший бомбардир Швейцарии (Ханс-Отто Петерс), игрок любительской сборной Германии (Хайнц Хёхер), игроки сборной Германии (Вернер Гёртс, хотя он не сыграл за сборную), три будущих тренера Бундеслиги (Уве Климашефски, Вернер Бискуп, Хайнц Хёхер, которые по удивительному стечению обстоятельств вывели свои команды в Бунделсигу одновременно в 1985 году) и такие игроки как Вернер Рёриг, Гюнтер Хаарманн, Вернер Торнер, Хорст Верле, Клаус Нимут и доктор Клаус Хейденрайх, уже много лет выступающие под крестом «Байера». К сожалению, эта команда распалась после сезона 1962/63 в Оберлиге. Болельщиков «Байера» ожидали годы застоя.
В 1965 году наша команда занимала третье место с конца в Западной региональной лиге и практически обеспечила себе понижение в дивизионе, если только чемпионы Западной региональной лиги, в лице менхенгладбахской «Боруссии», не квалифицируются в Бундеслигу. «Боруссия» оказала нам услугу и Леверкузен остался во втором дивизионе. Сезон приводит к смене тренеров: бывший игрок Тео Кирхберг будет у руля команды в следующие семь лет, больше чем был тренер до него и после него. Поначалу под его руководством не было особых улучшений: 14-е в 1966 году и 10-е в 1967 году.
Тогда то все стало меняться в «Байере». Много игроков ушли, но и многие были приобретены. К клубу присоединяются вратарь Ханс Бенцлер, Клаус Герц, Петер Рюбенах, Вилли Хааг, Карл-Хайнц Брюкен и Фридхельм Стшельчик. Сезон 1967/68 команда начала с 13 полевыми игроками и двумя вратарями в заявке, но они смогли всех удивить. Команда была на вершине таблицы в начале сезона. Местная пресса писала, что «Байер» должен быть благодарен расписанию за такую позицию в начале сезона. Все видели прогресс на поле, но никто не верил в победу в Западной региональной лиге. 12 мая 1968 годанаша команда встречалась с «Шварц-Вайсс Эссен» в последний тур сезона, и ей нужно было всего лишь одно очко, чтобы обеспечить чемпионство в Западной региональной лиге. Под проливным дождем, при поддержке тысяч болельщиков Леверкузена, заново обретших для себя «Байер» в том сезоне, матч завершился со счетом 3:3. В конце игры болельщики и игроки вместе радовадись успеху. Теперь настала пора стыковых матчей за выход в Бундеслигу. «Байер» должен встретиться с «Теннис Боруссия Берлин», «Кикерс Оффенбах», «Арминия Ганновер» и «ТуС Нойендорф». После восьми сложных матчей «Байер» финишировал вторым в группе, пропустив вперед «Кикерс Оффенбах» и упустил повышение Бундеслигу. Многи люди в Леверкузене с облегчением вздыхают, потому что уровень Бундеслиги им кажется еще слишком высоким.
Еще один яркий момент сезона в кубке Германии, матч против «Нюрнберга», лидеров Бундеслиги на тот момент. Игра против топ команды состоялась 27 января 1968 года. В упорной борьбе «Байер» уступил со счетом 0:2, но осознал, что может конкурировать с лушими клубами Германии.
Вопреки надеждам, десятилетие закончилось разочаровывающим восьмым местом. В 70-х годах все должно стать лучше, но путь к этому будет очень тернист и труден.
