Первая половина сезона получилась удовлетворительной. «Байер» выдал 10-ти матчевую беспроигрышную серию, но этого было мало: к 4 победам прибавилось 6 ничьих. Вратарь Рудигер Фолльборн, либеро Франко Фодо, два центральных защитника Мартин Кре и Кристиан Вёрнс, а также два фланговых защитника Маттиас Штамманн и Андреас Фишер образовывали очень солидную защиту. Также впечатляла и полузащита, собранная вокруг бразильца Жоржиньо и румына Йоана Лупеску. К сожалению, уже в седьмом туре, травму получил нападающий Ульф Кирстен, а заменявшие его Андреас Том и Хайко Херрлих не смогли компенсировать потерю столь классного форварда. Отсутствие Кирстена в оставшиеся 11 турах очень сильно бьет по команде и мешает занять более высокие места до зимнего перерыва.

Одним из самых ярких событий первой половины сезона стало дерби в кубке Германии против «Кёльна». Два клуба с берегов Рейна встретились в третьем раунде в Леверкузене. 20000 человек на стадионе «Ульрих Хаберланд» - обычное дело для местного дерби. После безголевого и довольно равного первого тайма, во второй половине «Байер» стал "прибирать" игру к своим рукам. На 65 минуте поляк Анжей Буцоль открывает счет, а спустя пять минут Андреас Фишер делает счет 2-0, приводя тем самым в эйфорию всю команду и болельщиков. И под бесконечные аплодисменты леверкузенцы доводят матч до логичной победы и проходят в 1/8 финала.

Победы следовали за победами, прерванные двумя ничейными результатами в Бремене и Дюссельдорфе. Через неделю после игры с «Ваттеншайд 09» «Байер» побеждает дома «Штутгартер Кикерс» 3-1, а первая игра в новом календарном году приносит победу 2-1 в Дуйсбурге. «Карлсруэ»(2-0), «Ганза»(3-0) и «Шальке»(2-1) уезжает с «Ульрих Хаберланд» с пустыми руками. После девяти матчей без поражений команда прибывает в эйфории и устраивает празднования с болельщиками после матча. Они на четвертом месте и близки к тому, чтобы квалифицироваться в Кубок УЕФА. Находясь на этом месте за 5 туров до конца, «Байеру» между тем, предстояло сыграть три матча с претендентами на титул - франкфуртским «Айнтрахтом», дортмундской «Боруссией» и «Штутгартом».

После поражений в матчах с Дортмундом, Франкфуртом и Нюрнбергом, «Байеру» нужно было обязательно побеждать в последнем матче, чтобы претендовать на квалификацию в Кубок УЕФА. При счете 1-1 игрок «Штутгарта» Маттиас Заммер получил красную карточку. Ничья не устраивала обе команды. «Штутгарт» боролся с Дортмундом за титул. «Байеру», в свою очередь, помимо победы в этом матче, нужен был также и благоприятный исход другой встречи. В параллельном матче «Шальке» играл с «Кайзерслаутерном», который являлся соперником леверкузенцев за попадание в Кубок УЕФА, и вел 2-0 к 74 минуте. Теперь все зависело только от «Байера». И «Штутгарт» и «Байер» думали только об атаке, и у Маркуса фон Алена был отличный шанс сделать счет 2-1, но он не забил. Исход матча решил Гвидо Бухвальд на другой половине поля. Гол на 86 минуте принес «Штутгарту» титул чемпионов Германии, а «Байер» тем временем упускает возможность попасть в Кубок УЕФА, тем самым проваливая главную цель сезона.