После зимнего перерыва и тренировочного лагеря в Орландо, США, команда зарабатывает только одно очко из десяти возможных. Команда, видимо, не смогла еще выйти из "зимней спячки" и умудрилась за несколько недель слететь с первого места на седьмое. Однако, последовавшие за этим 9 очков из возможных 10 поднимают команду на 3 место и возвращают в зону Кубка УЕФА за четыре тура до конца чемпионата. Плотность в таблице была высочайшая. Между «Кайзерслаутерном», который находился на втором месте, и «Кёльном», который располагался на десятой строчке, было всего 3 очка разницы! В последний игровой день леверкузенцам пришлось столкнуться с уже вылетевшим Лейпцигом. Лейпциг хотел покинуть высший дивизион "громко хлопнув дверью", поэтому у гостей были проблемы. К перерыву леверкузенцы вели со счетом 2-1, но на 79 минуте команда с земель Саксонии сравнивает счет, и на данный момент «Байер» "пролетает" мимо Кубка УЕФА. В последние десять минут Леверкузен пытался сделать все, чтобы забить гол, и на 89 минуте Ульф Кирстен ставит точку в матче, 3-2 - победа «Байера». Леверкузенцы заканчивают чемпионат на третьем месте, выходя в квалификацию Кубка УЕФА, и занимая самое высокое место в истории клуба на тот момент.

До 1999 года УЕФА проводила Кубок обладателей кубков УЕФА, в котором принимали участие все клубы, когда либо выигрывавшие Кубок УЕФА. В первом раунде леверкузенцам повезло и они играли с чешской «Зброёвкой»(бывшее «Брно»), победив дома 2-0, а в гостях 3-0. В следующем раунде «Байеру» предстояло сыграть с греческим «Панатинаикосом». В Греции местный клуб пришло поддержать 60000 человек! Но это не особо помогло хозяевам и во втором тайме благодаря усилиям Андреаса Тома, Ульфа Кирстена, Павла Хапала и Пауло Сержио леверкузенцы одерживают заслуженную победу 4-1. После окончания матча «Байер» уходил с поля под стоячие овации стадиона. Ответный матч оказался куда более нервным, к 66 минуте греки повели со счетом 2-0 и у болельщиков «Байера» появился повод начать нервничать. Но гол Ульфа Кирстена всех успокоил и леверкузенцы заслуженно прошли в 1/4 финала. В этом раунде «Байеру» предстояло сразиться с португальскими чемпионами - лиссабонской «Бенфикой». Первый матч в гостях завершился со счетом 1-1, и все должно было решиться в Леверкузене. Все шло по плану леверкузенцев и к 58 минуте «Байер» вёл со счетом 2-0. Но за 20 следующих минут «Бенфика» переворачивает матч и счет уже 2-3 в пользу Лиссабона! Однако «Байер» опять выходит вперед благодаря голам Павла Хапала и Ульфа Кирстена, 4-3! Развязка игры произошла на 85 минуте, когда Василий Кульков сравнял счет 4-4, благодаря чему «Бенфика» прошла в полуфинал. Драматическая развязка, перемешанные эмоции игроков обеих команд и перевороты матча сделали эту четвертьфинальную игру по-настоящему "безумной".