К новому сезону «Байер» решил основательно укрепиться и приобрел множество сильных игроков: Михаэль Баллак, Бернд Шнайдер, Оливер Нойвилль, Робсон Понте и Томас Брдарич - все они были очень высококвалифицированными футболистами. Также к команде присоединились Фрэнк Юрич, Торбен Гофман и Вратислав Грешко.

В Лиге Чемпионов «Байер» попал в группу с «Лацио», киевским «Динамо» и «Марибором». Ситуация сложилась таким образом, что в последнем туре Леверкузен доложен был побеждать дома «Марибор», а «Лацио» должно было взять хотя-бы одно очков в Киеве. Только при таком раскладе «Байер» мог выйти из группы ЛЧ. Римляне победили в гостях со счетом 1-0, а вот леверкузенцы не смогли обыграть дома «Марибор» 0-0, и закончив групповой этап на третьем месте вылетели в Кубок УЕФА.

В Кубке УЕФА в соперники Леверкузену попался «Удинезе». «Байер» сделал уверенную заявку на выход, победив в первом матче в гостях 1-0, однако дома умудрился уступить 1-2 и по правилу выездных голов вылетел из Кубка УЕФА.

В Бундеслиге команда Кристофа Даума выступала куда лучше. Команда показывала захватывающий и атакующий футбол и была непобедима на 'БайАрене'(13 побед, четыре ничьи), а также показывала впечатляющие матчи на выезде. 

29 марта 2000 года состоялся специальный товарищеский матч для «Байера» в Загребе между сборными Хорватии и Германии. Леверкузен в этом матче сенсационно представляли девять игроков. Йенс Новотны, Михаэль Баллак и Ульф Кирстен вышли в стартовом составе команды Эриха Риббека, который походу игры также выпустил Карстена Рамелова, Пауло Ринка и Штефана Байнлиха. Только Оливер Нойвилль не сыграт в тот день. В составе Хорватии также было два игрока леверкузенцев: Роберт Ковач и Борис Живкович.

Любители статистики выяснили, что это рекорд. Восемь игроков из одного клуба в матче сборной никогда не играли до этого за все 92 года, что выступает сборная Германии.

После 27 тура «Байер» вышел в единоличные лидеры Бундеслиги, обыграв «Мюнхен-1860» со счетом 2-0. И оставался там вплоть до 34 тура. Отрыв от мюнхенской «Баварии» составлял 3 очка, но у мюнхенцев была лучшая разница забитых и пропущенных голов. В последнем матче с «Унтерхахингом» леверкузенцам хватит даже ничьи. Нужно всего лишь одно очко...