К новому сезону «Байер» решил основательно укрепиться и приобрел множество сильных игроков: Михаэль Баллак, Бернд Шнайдер, Оливер Нойвилль, Робсон Понте и Томас Брдарич - все они были очень высококвалифицированными футболистами. Также к команде присоединились Фрэнк Юрич, Торбен Гофман и Вратислав Грешко.
В Лиге Чемпионов «Байер» попал в группу с «Лацио», киевским «Динамо» и «Марибором». Ситуация сложилась таким образом, что в последнем туре Леверкузен доложен был побеждать дома «Марибор», а «Лацио» должно было взять хотя-бы одно очков в Киеве. Только при таком раскладе «Байер» мог выйти из группы ЛЧ. Римляне победили в гостях со счетом 1-0, а вот леверкузенцы не смогли обыграть дома «Марибор» 0-0, и закончив групповой этап на третьем месте вылетели в Кубок УЕФА.
В Кубке УЕФА в соперники Леверкузену попался «Удинезе». «Байер» сделал уверенную заявку на выход, победив в первом матче в гостях 1-0, однако дома умудрился уступить 1-2 и по правилу выездных голов вылетел из Кубка УЕФА.
В Бундеслиге команда Кристофа Даума выступала куда лучше. Команда показывала захватывающий и атакующий футбол и была непобедима на 'БайАрене'(13 побед, четыре ничьи), а также показывала впечатляющие матчи на выезде.
Что это был за матч! Эмерсон(2 гола), Зе Роберто(2 гола), Пауло Ринк, Ульф Кирстен, Оливер Нойвилль, Михаэль Баллак и Бернд Шнайдер забивают 9 голов выдающемся матче леверкузенского «Байера». "Футбол - это вид искусства," пишет Express. "Это было также совершенно, как и приехавшие фанаты, которые "растоптали" миномет, который стоит около гостевого сектора на Donaustadion." Kölnische Rundschau пишет: "двойные и тройные стеночки и забегания в высоком темпе не оставили ни единого шанса сопернику. Минимум ошибок в игре, в которой любой игрок мог сделать все что угодно." Kicker: "Леверкузен еще никогда не был так близок к титулу." И это правда. После 25 матчей «Байер» с «Баварией» делили первую строчку с 53 набранными очками. Но у «Баварии» была лучшая разница голов.
29 марта 2000 года состоялся специальный товарищеский матч для «Байера» в Загребе между сборными Хорватии и Германии. Леверкузен в этом матче сенсационно представляли девять игроков. Йенс Новотны, Михаэль Баллак и Ульф Кирстен вышли в стартовом составе команды Эриха Риббека, который походу игры также выпустил Карстена Рамелова, Пауло Ринка и Штефана Байнлиха. Только Оливер Нойвилль не сыграт в тот день. В составе Хорватии также было два игрока леверкузенцев: Роберт Ковач и Борис Живкович.
Любители статистики выяснили, что это рекорд. Восемь игроков из одного клуба в матче сборной никогда не играли до этого за все 92 года, что выступает сборная Германии.
После 27 тура «Байер» вышел в единоличные лидеры Бундеслиги, обыграв «Мюнхен-1860» со счетом 2-0. И оставался там вплоть до 34 тура. Отрыв от мюнхенской «Баварии» составлял 3 очка, но у мюнхенцев была лучшая разница забитых и пропущенных голов. В последнем матче с «Унтерхахингом» леверкузенцам хватит даже ничьи. Нужно всего лишь одно очко...
Это имя, это место... сожгло навсегда душу каждого фаната «Байера». И шрам остался до сих пор. Весь Леверкузен выражал свою приверженность клубу перед этим матчем. Красно-черные флаги висели по всему городу. Повсюду чувствовалась поддержка и предвкушение триумфа. Тысячи человек отправились на выездной матч в Унтерхахинг. Они хотели быть там, когда «Байер» впервые в своей истории поднимет "салатницу" над головой. Но к сожалению, 20 мая 2000 года все пошло не так. Все началось с автогола Михаэля Баллака на 21 минуте. А за 12 минут до конца матча Маркус Оберлейтнер нанес «Байеру» самое тяжелое поражение, забив второй гол. Мечты о титуле испарились, а «Бавария» обыграв дома «Вердер» со счетом 3-1, имея лучшую разницу забитых и пропущенных мячей, стали в очередной раз чемпионами.
Игроки, тренеры, руководство клуба и болельщики были безутешны после такого огромного разочарования, но на следующий день команду на БайАрене встретили тысячи человек. "Сейчас больше, чем когда-либо" стало лейтмотивом той встречи.
11 ГОЛЕВЫХ
«Гуарани»
«Ганза Росток»
«Кайзерслаутерн»
«Айнтрахт Франкфурт»
«Интер Братислава»
«Фрайбург»
«Юрдингер 05»
«Фортуна Кёльн»
«Фортуна Дюссельдорф»
«Байер 04 Леверкузен» U19
«Сантос»
«Дуйсбург»
«Гамбург»
«Ливерпуль»
«Шальке 04»
«Айнтрахт Франкфурт»
«Айнтрахт Франкфурт»