Некоторые игроки перешли из небольших клубов, некторые поднялись из молодежной команды. Михаэль Скиббе усилил свой состав восемью новыми игроками, среди которых были Штефан Кисслинг, Сергей Барбарез, Карим Хагги, Пирмин Швеглер, Александр Майер, Пьер де Вит, Ассимью Туре и Бенедикт Фернандес. Команду покинули Димитар Бербатов, Йенс Новотны, Клеменс Фриц и Яцек Кшинувек.
Начал сезон в Бундеслиге «Байер» весьма многообещающе. В первой игре сезона была одержана победа над новичком лиги «Алеманией Аахен» со счетом 3-0. Но потом пошли осечки: за двумя поражениями «Вердеру» и «Айнтрахту» последовали две ничьи против «Вольфсбурга» и «Ганновера». Повод для радости команда Михаэля Скиббе подарила в матче с «Шальке», победив гельзенкирхенцев со счетом 3-1. Выдающийся матч провел Гонсало Кастро, оформив дубль.
Оппозиционно настроенные фанаты любили использовать кричалки на стадионе, в которых говорилось о таблетках и местоположении команды на реке Рейн, чтобы напоминать «Байеру» откуда они родом. Клуб быстро смекнул, как это можно использовать: в новом каталоге товаров для фанатов на сезон 2006/07 появилась атрибутика, которая использовала эти три слова(pills, Werkself, Rhein). Самоирония и юмор показали, что «Байер» умеет держать удар от оппозиции и может сам брать инициативу на себя.
Первый раунд кубка УЕФА «Байер» прошел без какого-либо труда. В соперниках был швейцарский «Сьон». За нулевой ничьей в Женеве последовала домашняя победа со счетом 3-1 и проход в групповую стадию кубка УЕФА. После ничьи 1-1 в Брюгге, домашнего поражения «Тоттенхему» 0-1(гол забил Димитар Бербатов) и проигрыша 1-2 в Бухаресте, «Байер» победил в последнем матче «Бешикташ» со счетом 2-1. Байер вышел в следующий раунд, заняв третье место в группе.
После ухабистого начала сезона и уверенной игры после(три победы и ничья в последних четырех матчах), к концу первого круга Леверкузен занимал шестое место в таблице.
Вторая половина сезона также получилась неоднородной. Но один игрок, на постоянной основе, показывал выдающийся футбол: Бернд Шнайдер. "Шникс" находился в лучшей форме в своей жизни, восхищал фанатов своей техникой, блистал как созидатель, чернорабочий и асисстент, а также в свои зрелые года забивал много голов. 33-летний игрок забил невероятные голы «Блэкберну»(ножницами) и «Нюрнбергу».
Победой 1-0 против «Шальке», ознаменовался великолепный дебют Рене Адлера, который сделал в матче несколько невероятных спасений. Адлера и до этого считали одним из самых многообещающих талантов среди вратарей, и он превосходно воспользовался своим шансом, вытеснив из состава железного первого номера Йорга Бутта.
30 марта 2007 года управляющий директор «Байер» Вольфганг Хольцхойзер выступил с хорошими новостями: 'БайАрена' будет обновлена, улучшена и увеличит вместимость до 30000 человек. Строительные работы планировали начать 2 ноября 2007 года. Правление Bayer AG утвердило планы дочерней компании Bayer 04 Leverkusen Fußball GmbH. Все работы планировалось завершить до начала сезона 2009/10.
В кубке УЕФА «Байер» показывал хорошую игру, пройдя клуб АПЛ «Блэкберн Роверс» и французский «Ленс». Однако, в четвертьфинале Леверкузен споткнулся об испанскую «Осасуну» и европейская кампания подошла к концу.
Гостевая победа в предпоследнем туре над берлинской «Гертой» со счетом 3-2 обеспечила «Байеру» место в кубке УЕФА. В последнем матче чемпионата леверкузенцы победили дортмундскую «Боруссию» со счетом 2-1 и закончили турнир на пятом месте.
После семи лет успешного сотрудничества, в конце сезона, «Байер» и титульный спонсор RWE решили пойти разными путями, так как компания хотела поменять свои приоритеты в плане создания имиджа. "Когда партнеры становятся друзьями, это должны быть особенные отношения", сказал Вольфганг Хольцхойзер, комментируя партнерство с RWE.
12 ГОЛОВ
17 ГОЛЕВЫХ
28 РЕЗУЛЬТАТИВНЫХ ДЕЙСТВИЯ ЗА 45 МАТЧЕЙ
«Нюрнберг»
«Страсбур»
«Гамбург»
«Байер 04 Леверкузен» II
«Байер 04 Леверкузен» U-19
«Байер 04 Леверкузен» II
«Тоттенхем»
«Вольфсбург»
«Вердер»
«Динамо» Загреб
«Падерборн»
«Динамо» Загреб