К старту нового сезона «Байер» представил нового титульного спонсора TelDaFax ENERGY. «Байер» будет играть с названием компании из сектора энергетики и телекоммуникаций до конца сезона 2009/10.
Помимо лучшего бомбардира сезона 2006/07 Теофаниса Гекаса, к леверкузенцам присоединились еще восемь новичков: Лукас Синкевич, Мануэль Фридрих, Артуро Видаль, Ханс Сарпей, Саша Дум, Эрик Домашке, Вратислав Грешко и Рикардо Фати. Жуан, Андрей Воронин, Фредрик Стенман, Марко Бабич, Йорг Бутт и Ахмед Мадуни.
Леверкузен вылетел из кубка Германии в первом же раунде, уступив 0-1 клубу второй Бундеслиги «Санкт-Паули». В то время, как обе команды уже были готовы в дополнительным таймам, полузащитник «Санкт-Паули» Фабиан Болл за три минуты до конца основного времени забил победный гол.
После неоднозначного старта в Бундеслиге(0-0 с «Коттбусом», 0-1 с «Гамбургом») Леверкузен нашел свою игру и после семи туров занимал второе место после «Баварии». Поражение 0-1 от рекордмайстера немного успокоило пыл красно-черных, но ненадолго. Команда вернулась на победный путь после разгрома «Арминии» 4-0, за которым последовало четыре победы подряд. Последний тур первой половины сезона «Байер» проиграл «Вердеру» со счетом 2-5, и ушел на зимний перерыв на четвертом месте.
Квалификацию в групповую стадию кубка УЕФА «Байер» прошел уверенно - была повержена португальская «Униан Лейрия». В группе с сильными соперниками леверкузенцы выступили очень хорошо: три победы против «Тулузы»(1-0), пражской «Спарты»(1-0) и на выезде против «Цюриха»(5-0) при всего одном поражении от московского «Спартака»(1-2). В группе E «Байер» занял первое место и вышел в 1/16 кубка УЕФА.
В 2008 году на международной спортивной ярмарке в Мюнхене леверкузенский «Байер» выиграл приз за лучший спортивный маркетинг. Леверкузен получил эту награду за кампанию Werkself. "Мы можем гордиться этой наградой", сказал директор по связям с общественностью Мейноф Шпринк комментируя этот приз, который считается Оскаром в спортивном бизнесе. На церемонии награждения в Мюнхене присутствовали генеральный директор «Байера» Вольфганг Хольцхаузер, а также игроки основы Рене Адлер и Бернд Шнайдер.
В январе 2008 года к стадиону подъехали первые землеройные машины, которые должны были демонтировать Западную трибуну. К началу сезона 2009/10 БайАрена должна стать одним из самых современных стадионов Германии и Европы. На время реконструкции игроки использовали временные раздевалки, оборудованные в Северном крыле, а VIP-гостям и прессе были установленные специальные тенты на стадионе Ульрих Хаберланд.
Начало года сложилось для «Байера» отлично. За первые семь игр леверкузенцы заработали 14 очков и к 24 туру занимали третье место в Бундеслиге, всего в одном очке от «Гамбурга»(второе место) и шести очках от «Баварии»(первое место).
В кубке УЕФА «Байер» дошел до четвертьфинала, по пути показав отличный футбол, пройдя «Галатасарай»(0-0 и 5-1) и «Гамбург»(1-0 и 2-3). В четвертьфинале леверкузенцы столкнулись с питерским «Зенитом», у которого блистали Аршавин с Погребняком, и проиграли. «Зенит» в том сезоне выиграл кубок УЕФА по пути обыграв также мюнхенскую «Баварию».
После поражения в Мюнхене 1-2 в 25 туре, «Байер» стал планомерно "сыпаться". «Байер» проиграл семь из последних десяти матчей. Единственные две победы были одержаны над «Штутгартом» 3-0 и «Ганзой» 2-1. Но все же, перед последним туром «Байер» находился на четвертом месте и был в лучшей позиции в гонке за кубок УЕФА. «Байеру» предстоял "финал" против бременского «Вердера»(который занял второе место между прочим), который они благополучно проиграли 0-1 и не попали в еврокубки.
В матче против бременского «Вердера» Леверкузен также прощался с легендарным Карстеном Рамеловым. Рамелов завершил карьеру после 13 лет с красно-черным крестом на груди сыграв 333 матча в Бундеслиге, забив 22 гола и 46 раз выйдя на поле в футболке национальной сборной Германии.
После двух с половиной лет за рулем леверкузенского «Байера» Михаэль Скиббе покидает клуб. Итоговое место в лиге, а также упущенная возможность выхода в кубок УЕФА заставило клуб и тренера пойти дальше разными путями. "В конце концов, новый тренер начнет новый сезон с чистого листа", прокомментировал данное решение генеральный директор «Байера».
26 мая «Байер» представил нового главного тренера, им стал Бруно Лаббадия, бывший профессиональный игрок, а также тренер «Гройтер Фюрта».
9 ГОЛЕВЫХ
25 РЕЗУЛЬТАТИВНЫХ ДЕЙСТВИЙ В 44 МАТЧАХ
«Коло-Коло»
«Бохум»
«Майнц»
«Кёльн»
«Рома»
«Вольфсбург»
«Нюрнберг»
«Динамо» Москва
«Байер 04 Леверкузен» II
«Рома»
«Гронинген»
«Дуйсбург»
«Ботафаго»
«Аль-Гарафа»
«Бетис»
«Бенфика»
«Ливерпуль»
«Оснабрюк»
«Оснабрюк»
«Энерги Коттбус»
«Рома»