В первом раунде кубка Германии «Байер» умудрился проиграть дрезденскому «Динамо» 3-4 в дополнительное время, при этом ведя 3-0 к 49 минуте матча. «Байер» начал сезон не так, как все это себе представляли в Леверкузене. Леверкузенцы выглядели абсолютно топ командой на протяжении практически часа игрового времени, полностью контролировали соперников и забили три великолепных гола в исполнении Эрена Дердийока, Сидней Сэма и Андре Шюррле. «Динамо» вернулось в игру забив два гола за две минуты и в конце основного времени смогло сравнять счет. В концовке экстра-таймов «Динамо» поймало «Байер» на контратаке и победила в невероятном матче со счетом 4-3.

Первые игровые недели в Бундеслиге получились не очень убедительными. После поражения «Майнцу» в первом туре, последовали две победы над «Вердером» и «Штутгартом» с Берндом Лено на воротах, который присоединился на правах аренды из «Штутгарта». Вратарь юношеской сборной Германии U-21 был подписан, потому что первый номер леверкузенцев Рене Адлер выбыл на неопределенное время, а запасной вратарь Фабиан Гифер получил сотрясение мозга в первой игре против «Майнца». Затем последовала одна из лучших игр того сезона, которая закончилась со счетом 0-0 против чемпионской дортмундской «Боруссии». Но последовавшие два поражения «Баварии» и «Кёльну» оказались очень разочаровывающими.

Спустя шесть лет отсутствия, «Байер» наконец-то вернулся в главный турнир старого света. Первая игра группового этапа закончилась поражением будущим победителям Лиги Чемпионов лондонскому «Челси» со счетом 0-2. Однако леверкузенцы смогли выйти в 1/8 финала Лиги Чемпионов, победив в группе «Генк», «Валенсию», также победив «Челси» в ответной игре и сыграв вничью в ответной игре с «Генком».

Под руководством этого дуэта Леверкузен вернулся на победный путь, и в последних шести играх сезона ни разу не проиграл, выиграв четыре матча и два раза сыграв вничью. Команда заняла пятое место и квалифицировалась в Лигу Европы. После окончания сезона «Байер» объявил, что продлил сотрудничество с дуэтом Хюппия и Левандовски. Оба тренера заключили трехлетние контракты до 30 июня 2015 года.

Перед последней домашней игрой против «Ганновера», Рене Адлер и Михаэль Баллак простились с болельщиками «Байера» и стадионом, где они провели столько запоминающихся матчей. "Рене и Михаэль помогли написать часть футбольной истории «Байера»," сказал спортивный директор «Байера» Руди Фёллер. Также тем летом команду покинули Эрен Дердийок(«Хоффенхайм»), Транквилло Барнетта(«Шальке»), Фабиан Гифер(«Фортуна») и Бастиан Очипка(«Айнтрахт» Франкфурт).

Счастливая концовка — женская команда «Байера» в последнем туре играет вничью 0-0 и сохраняет свою прописку в Бундеслиге. Предыдущего тренера Дорин Майер сменил Томас Облиер.