Леверкузенский «Байер» пополнился десятью новыми игроками: Самым громким стало подписание игрока сборной Южной Кореи Хён-Мин Сона из «Гамбурга». К команде также присоединились Джулио Донати(«Интер»), Эмре Джан(«Бавария»), Робби Крузе(«Фортуна»), Эмре Спахич и Андрес Палоп(оба из «Севильи»), Левин Озтунали(«Гамбург»), Роберто Хилберт(«Бешикташ»), Константинос Стафилидис(«ПАОК») и воспитанник клуба Йонас Мефферт. Клуб покинули такие игроки как Мануэль Фридрих, Михал Кадлец, Даниэль Швааб, Андре Шюррле, Дани Карвахаль, Хадзиме Хосогай, Михаэль Рензинг и Жуниор Фернендес.
После успешного тренерского дуэта в прошлом сезоне, на тренерском мостике произошли изменения: Саша Левандовски вернулся тренировать молодежную команду, а Сами Хюппия стал единоличным главным тренером леверкузенцев. Его помощниками стали Ян-Мориц Лихте и Даниэль Недзковски. Тренером вратарей стал Дэвид Тиль, а тренером по физической подготовке доктор Хольгер Бройх.
Во время летнего перерыва было увеличено количество стоячих мест с 2.000 до 3.000, разместив часть из них на блоки C, D и E. Это сразу же принесло свои плоды: атмосфера на БайАрене стала значительно лучше!
Новым титульным спонсором леверукзенского «Байера» стала одна из самых крупных компаний в мире — южнокорейская LG Electronics. На этом завершилась первая благотворительная кампания «Байера» от имени DKMS(Немецкий сервис костного мозга). Впервые с новым логотипом LG футболисты появились на домашнем матче против «Вольфсбурга».
После 15 лет в должности генерального директора, Вольфганг Хольцхаузер передал свои обязанности Михаэлю Шаде. Новый генеральный директор приступил к своим обязанностям с 1 октября 2013 года. Предыдущий руководитель отдела глобальных корпоративных коммуникаций в концерне «Байер» в течение многих лет был членом комитета акционеров Bayer 04 GmbH.
Леверкузен хорошо начал чемпионат и после 9 туров имел на своем счету 22 очка, столько же сколько и у дортмундской «Боруссии» которая располагалась на втором месте, и на одно очко отставая от лидирующей «Баварии».
Первый матч в Лиге Чемпионов выдался неудачным, «Байер» проиграл «Манчестер Юнайтед» ос счетом 2-4, но победы над «Реал Сосьедадом» и донецким «Шахтером» вернули леверкузенцев в борьбу. Групповой этап «Байер» закончил на втором месте и вышел в 1/8 финала.
Несмотря на то, что последние два матча против «Айнтрахта» и «Вердера» закончились поражениями, Леверкузен заканчивает первую половину сезона на втором месте. В кубке Германии «Байер» также прошел два раунда обыграв «Липпштадт» и «Арминию». И благодаря победе 2-1 против «Фрайбурга» леверкузенцы прошли в четвертьфинал кубка Германии.
В начале второй половины сезона леверкузенцы запустили имиджевою кампанию под слоганом "Вторая семья". Используя этот слоган на щитах и плакатах в Леверкузене и окрестностях, в рекламе в кинотеатрах, на кузове командного автобуса и даже на вагонах надземной железной дороги в Вуппертале, «Байер» таким способом продвигал клуб и бренд Werkself.
В домашней игре с «Шальке» «Байер» подготовил для своих фанатов сюрприз: домашнее приложение для смартфонов, которое давало зрителям на БайАрене доступ к многочисленным функциям игры и являлось основной частью Stadium Vision, нового мультимедийного экспириенса.
Домашнее поражение в четвертьфинале кубка клубу второго дивизиона «Кайзерслаутерну» (0-1 в доп. время) стало отправной точкой для девяти матчевой без выигрышной серии. Два поражения в 1/8 финала «ПСЖ» явили собой вылет из Лиги Чемпионов. После поражения 1-2 в Гамбурге в 29 туре «Байер» впервые в сезоне опустился на пятое место.
Учитывая негативные результаты команды, а также риск непопадания в Лигу Чемпионов, клуб решает расторгнуть контракт с Сами Хюппия и его помощником Яном-Морицом Лихте и назначить Сашу Левандовски на оставшиеся пять матчей сезона.
Под руководством Левандовски и его помощника Петера Хибаллы команда возвращается на правильный путь и зарабатывает 13 очков из 15 возможных и готовится к финальному матчу сезона против «Вердера». Победа 2-1 поднимает «Байер» на четвертое место и позволяет квалифицироваться в Лигу Чемпионов.
Вместе с последней игрой в сезоне последовали и прощания с некоторыми игроками: Йенс Хегелер перешел в «Герту», Сидней Сэм поехал за "длинным рублем" в «Шальке», а Андрес Палоп объявил о завершении карьеры. Саша Левандовски вернулся к тренировке молодежи. «Байер» уже объявил нового главного тренера, который начнет руководить командой с нового сезона — им стал Роджер Шмидт из «Ред Булл Зальцбург».
Команда U-23 победила в своем последнем матче сверстников из «Фортуны Кёльн» 3-1. Клуб решил распустить команду после окончания сезона. "Цель состоит в том, чтобы изменить нашу работу с молодежью и сделать её еще лучше," объяснял данное решение генеральный директор «Байера» Михаэль Шаде. Теперь основное внимание будет уделяться командам U-19 и U-17 с целью более быстрого подвода игроков к основным составам Бундеслиги.
12 ГОЛЕВЫХ
«Гамбург»
«Бавария»
«Интер»
«Фортуна»
«Хоффенхайм»
«ХИК Хельсинки»
«Севилья»
«Гамбург» U-19
«Бешикташ»
«Севилья»
«Байер 04 Леверкузен» U-19
«Валенсия»
«Вольфсбург» U-19
«Чеджу Юнайтед»
«Челси»
«Реал Мадрид»
«Фенербахче»
«Герта»
«Копенгаген»
«Динамо Загреб»
«Боруссия» Мёнхенгладбах
«Айнтрахт» Брауншвейг
«Аугсбург»
«Фортуна»
«Штуттгарт»
«Кемницер»
«Аален»
Без клуба
«Аугсбург»