Из аренды вернулись: чемпион мира Кристоф Крамер(«Боруссия» Мёнхенгладбах), Константинос Стафилидис(«Фулхэм», но сразу же отдан в аренду в «Аугсбург») и Рю Сын Ву(«Айнтрахт» Брауншвейг). Был выкуплен Кириакос Пападопулос из «Шальке», который прошлый сезон играл за «Байер» на правах аренды. Новичками команды стали: Адмир Мехмеди из «Фрайбурга», Адре Рамальо из «РБ Зальцбург», Джонатан Та из «Гамбурга» и Чарлес Арангис из «Интернасьоналя». Из молодежки на повышение пошли Лукас Бёдер, Робин Тим Беккер, Марлон Фрай и Бенни Хенрикс.

Стадион в Леверкузене приобрел новый вид и стал более удобным для болельщиков, более сервисно-ориентированным и более современным, чем когда-либо. Наибольшие изменения затронули большие помещения. Модернизированные киоски, туалеты, счетчики электронных платежей, улучшенные вывески, полностью измененный магазин «Байера» и, конечно же, легендарные игроки клуба изображенные в подтрибунных помещениях - всё это создает новое ощущение при посещении БайАрены.

Первую игру сезона «Байер» проводил в кубке Германии против «Шпортфройнде Лотте» и одержал уверенную победу 3-0 благодаря голам Штефана Кисслинга, Хакана Чалханоглу и Ларса Бендера.

Победа 3-0 в ответном матче над «Лацио» обеспечила красно-черным выход в групповой этап Лиги Чемпионов в 10-ый раз в истории клуба и третий подряд. После поражения в первом матче 0-1, в ответном матче леверкузенцы устроили гала-концерт и не оставили римлянам ни единого шанса. Голами отметились Хакан Чалханоглу, Адмир Мехмеди и Карим Беллараби.

В группе Лиги Чемпионов «Байеру» предстояло сразиться с «Барселоной», «Ромой» и «БАТЭ». В первом матче команда Роджера Шмидта одержала уверенную победу над «БАТЭ» со счетом 4-1. Леверкузен показал отличный футбол на Камп Ноу, но уступил 1-2. После гола Пападопулоса на 22 минуте «Барселона» смогла отыграться и выйти вперед только в конце матча. Болельщики на БайАрене могли наблюдать самый настоящий футбольный спектакль в матче против «Ромы», который завершился со счетом 4-4. «Байер» довольно быстро вышел вперед 2-0, но «Рома» ответила и к 84 минуте вела 4-2. Но не тут-то было! Кевин Кампль и Адмир Мехмеди с разницей в две минуты забивают два гола и сравнивают счет! Сумасшествие!

Перед зимним перерывом леверкузенцы еще проскочили два раунда кубка Германии. Победы 6-0 над «Викторией Кёльн» и 3-1 над «Унтерхахингом» позволили «Байеру» выйти в 1/4 финала кубка.

Победы в двух последних матчах над мёнхенгладбахской «Боруссией»(5-0) и над «Ингольштадтом»(1-0) позволили «Байеру» подняться на пятое место к зимнему перерыву и находиться на "расстоянии вытянутой руки" до места в Лиге Чемпионов.

В такой сложной группе «Байер» смог занять только третье место. Ничьи 1-1 с «Барселоной» не хватило, чтобы пройти в 1/8 финала ЛЧ. Кисслинг, Лено и Ко. отправляются в Лигу Европы.