Из аренды вернулись Никлас Ломб(«Пройссен») и Йоэль Похьянпало(«Фортуна»), а также, благодаря опции выкупа, вернулся в родной клуб Данни Да Коста после четырех лет в «Ингольштадте». «Байер» также приобрел точечные усиления в лице Кевина Фолланда(«Хоффенхайм»), Юлиана Баумгартлингера(«Майнц»), Александара Драговича(«Динамо Киев») и Рамазана Озджана(«Ингольштадт»). Из молодежной команды в главную на повышение пошел Кай Хаверц.
После десяти лет сотрудничества с Адидасом, летом 2016 года «Байер» заключил контракт с новым техническим спонсором - немецкой компанией Яко. Первая домашняя форма имела некоторые уникальные особенности: На груди расположились одиннадцать полосок, которые символизируют девиз "Мы команда", на обратной стороне спины был расположен горизонт Леверкузена, плюс у каждой футболки был QR-код, который содержал в себе специальный интерактивный подарок для фанатов. Также стоит отметить, что Яко разработала шрифт на основе старого логотипа, который используется для написания фамилий и номеров.
В первом раунде кубка «Байер» одержал победу 2-1 над скромным «Хауэнштайном». Матч проходил при очень сложных погодных условиях, в составе леверкузенцев отличились Чичарито и Карим Беллараби.
Первый домашний матч сезона оказался запоминающимся. Йоэль Похьянпало вышел на поле на 72 минуте, когда «Байер» уступал «Гамбургу» со счетом 0-1. Но у чистофинна были свои планы на этот вечер. Для начала он сравнял счет, как и в предыдущем туре с Мёнхенгладбахом, а потом в добавленное время забил еще дважды принеся Леверкузену победу со счетом 3-1.
Первые три матча в группе Лиги Чемпионов леверкузенцы сыграли вничью: «ЦСКА»(2-2), «Монако»(1-1) и «Тоттенхем»(0-0). А затем последовал очень эмоциональный и запоминающийся матч на «Уэмбли»: около 2.000 болельщиков из Леверкузена радовались вместе с Кевином Камплем победному голу на 65 минуте.
После ничьи в ответном матче в Москве с «ЦСКА»(1-1) «Байер» досрочно обеспечил себе место в 1/8 Лиги Чемпионов. В последнем матче группового этапа леверкузенцы разбили на БайАрене «Монако» со счетом 3-0. Впервые за свою историю «Байер» ни разу не проиграл в групповом этапе Лиги Чемпионов.
По ходу матча с «Лотте» леверкузенцы два раза вели в счете — Кевин Фолланд забил на 25 и 95 минуте - и имели на одного игрока больше. Несмотря на это «Байер» умудрился довести дело до пенальти и вылететь по его итогам уже во втором раунде кубка Германии.
Это был весьма насыщенный год для нашего воспитанника Кая Хаверца: чемпионство с U-17, серебряная медаль Фрица-Вальтера, а с августа полноценный контракт с основной командой. Он также переписал некоторые рекорды. Самый молодой дебютант в Бундеслиге(в Бремене), самый молодой игрок стартового состава(против «Дармштадта»), самый молодой игрок забивавший в Бундеслиге(против «Вольфсбурга») и самый молодой игрок оформивший дубль(последняя игра сезона против «Герты»). Он также успел получить среднее образование, окончив школу.
Столько было лет Бенджамину Хенриксу, когда он дебютировал за основную сборную Германии в матче против Сан-Марино в ноябре 2016 года. Это сделало его самым молодым дебютантом сборной Германии в истории леверкузенцев.
Зимой «Байер» подписал 19-летнего Леона Бэйли, за которым также охотилось множество клубов Европы. Ямаец подписал контракт с леверкузенцами до 2022 года.
В феврале 2017 года FIFA отстранила Хакана Чалханоглу от футбольной деятельности на 4 месяца. Таким образом, он пропустил остаток сезона. Тяжелое наказание для клуба, который никаким боком не был замешан в нарушении, произошедшем в 2011 году. Чалханоглу тогда выступал за «Карлсруэ» и согласовал контракт с «Трабзонспором». Затем он продлил соглашение с «Карлсруэ» и перешел в «Гамбург», что FIFA признала нарушением.
Перед матчем 21 тура между «Аугсбургом» и «Байером» все было ясно: следующий гол станет 50.000 за всю историю Бундеслиги. Этот исторический гол забил Карим Беллараби, чья футболка теперь висит в Немецком музее футбола в Дортмунде.
«Байер» расторг контракт с Роджером Шмидтом после болезненного поражения 2-6 в Дортмунде. Под его руководством леверкузенцы три раза пробивались в групповой этап Лиги Чемпионов. Вместо Шмидта на концовку сезона пришел Тайфун Коркут.
Так же как и в сезоне 2014/15 «Байер» вылетел из Лиги Чемпионов проиграв мадридскому «Атлетико». В первом матче дома леверкузенцы проиграли со счетом 2-4. Под руководством Тайфуна Коркута ответный матч закончился безголевой ничьей.
Когда сезон подходил к концу, а на горизонте маячили стыковые матчи, весь город приоделся в красно-черные цвета. В преддверии дерби с «Кёльном» в 33 туре болельщики не только поддержали команду на открытой тренировке, но и устроили впечатляющую поддержку непосредственно перед игрой: около 6.000 человек собрались на Бисмаркштрассе, чтобы составить почетный караул для команды. В том матче «Байер» отыгрался с 0-2 и заработал то самое очко, которое позволило обезопасить себя от стыковых матчей. Сезон закончился на высокой ноте: в последнем туре «Байер» забил шесть мячей в ворота «Герты».
13 ГОЛОВ
11 ГОЛЕВЫХ
17 РЕЗУЛЬТАТИВНЫХ ДЕЙСТВИЙ В 36 МАТЧАХ
«Динамо Киев»
«Хоффенхайм»
«Майнц 05»
«Карлсруэ»
«Ингольштадт 04»
«Ингольштадт 04»
«Байер 04 Леверкузен» U19
«Байер 04 Леверкузен» U19
«Байер 04 Леверкузен» U17
«Байер 04 Леверкузен» U19
«Генк»
«РБ Лейпциг»
«Боруссия Мёнхенгладбах»
«Майнц 05»
«Фрайбург»
«РБ Лейпциг»
«Майнц 05»
«Зонненхоф Гроссашпах»
«Омония Никосия»
«Ваттеншайд 09»
«Фортуна Кёльн»
«Ян Регенсбург»
«Хайденхайм»
«Кайзерслаутерн»
«Арминия»
«Ференцварош Будапешт»
«Виктория 1904 Кёльн»
-
«Гамбург»
«Ляонин Хувин»
«Падерборн 07»