После завершения профессиональной футбольной карьеры Штефан Кисслинг остался в структуре «Байера»: с октября 2018 года Кисс работает вместе с Руди Фёллером в качестве советника спортивного менеджмента. Он является связующим звеном между командой, менеджментом и другими структурами в клубе.
Клуб покинули Бернд Лено(«Арсенал») и Бенджамин Хенрикс(«Монако»). Никлас Ломб ушел в годичную аренду в «Зандхаузен». На их места были приобретены: Митчелл Вайзер(правый защитник из «Герты») и свежеиспеченный обладатель кубка Германии финский вратарь Лукаш Градецки из франкфуртского «Айнтрахта». Леверкузенцы также заглянули в Бразилию, чтобы приобрести талантливого Паулиньо из «Васко да Гама».
В первом раунде кубка Германии леверкузенцы встречались с клубом Оберлиги «Пфорцхаймом». Соперники играли очень глубоко и единственный мяч за всю игру оказался на счету Лукаса Аларио, который на 27 минуте реализовал пенальти. Во втором раунде кубка Леверкузен ждала мёнхенгладбахская «Боруссия».
Гладбах был также первым соперником «Байера» в Бундеслиге. После безголевой первой половины встречи во второй «Боруссия» забила два гола и победила в том матче 2-0. Следом последовали два поражения от «Вольфсбурга» и «Баварии», оба со счетом 1-3. Первый гол в сезоне забил Леон Бэйли в матче против волков. Первая же победа состоялась в четвертом туре, когда с минимальным счетом 1-0 был обыгран «Майнц».
На контрасте с чемпионатом Леверкузен успешно играл в Лиге Европы. В первом матче против «Лудогорца» «Байер» отыгрался с 0-2 и победил в том матче со счетом 3-2. «Байер» завершил групповой этап на первой строчке с 13 очками проиграв всего лишь раз «Цюриху»(2-3).
Первую половину сезона «Байер» закончил на девятой строчке с 24 очками в копилке: 7 побед, 3 ничьи и 7 поражений. «Байер» также вышел в 1/8 финала Кубка Германии после разгрома гладбахской «Боруссии» со счетом 5-0. В зимний перерыв было принято решение о смене главного тренера и на место Хайко Херрлиха пришел голландским специалист Петер Бош, который до этого работал в «Аяксе» и дортмундской «Боруссии».
«Байер» вылетел из кубка Германии уступив «Хайденхайму» в 1/8 кубка Германии. На гол Юлиана Брандта в первой половине матча, соперник ответил двумя голами во второй и прошел дальше. Из Лиги Европы леверкузенцы также вылетели: после безголевой ничьи в Краснодаре дома «Байер» также сыграл в ничью, но уже со счетом 1-1, и благодаря правилу выездного гола дальше прошел «Краснодар».
«Байер» пробился в первую Бундеслигу 13 мая 1979 года. Так что вполне резонно было отпраздновать "40 лет в Бундеслиге под крестом «Байера»" в мае 2019 года. Празднования начались ночью в пятницу с "Дня команды", где герои 1979 года снова встретились под сводами БайАрены. В субботу утром все звезды «Байера» присоединились к команде 1979 года и получили свою часть аплодисментов перед началом матча Бундеслиги. Для домашнего матча с «Шальке» был организован огромный перфоманс, а также команда сыграла в специальных футболках. Матч закончился со счетом 1-1. Воскресенье прошло под девизом "Дня традиций". Звезды леверкузенского «Байера» всех времен сыграли между собой на стадионе Ульрих Хаберланд в захватывающем матче.
Вторая половина сезона прошла куда лучше: проиграв в своем первом матче при Петере Боше мёнхенгладбахской «Боруссии» 0-1 последовали четыре победы подряд, включая 3-1 над мюнхенской «Баварией». В середине второй половины сезона «Байер» проигрывает три матча подряд, что ставит под большой вопрос даже выход в Лигу Европы. Но затем следует впечатляющий рывок от парней Боша: 16 очков из 18 возможных в последних шести матчах. Игра против франкфуртского «Айнтрахта» стала одним из самых запоминающихся матчей того сезона: уже к 36 минуте встречи «Байер» вел со счетом 6-1! С таким счетом тот матч на БайАрене и закончился. Перед последним туром леверкузенцы располагались на лигоевропейской строчке, а для прохода в ЛЧ требовалась не только победа в своем матче, но и осечка гладбахской «Боруссии». Все сложилось как нельзя лучше: гладбах оступился, а «Байер» разгромил в гостях берлинскую «Герту» со счетом 5-1 и вышел в групповой этап Лиги Чемпионов.
Сезон 2018/19 стал также большим прорывом для Кая Хаверца. Он провел на поле 2.902 минуты в Бундеслиге, что сделало его одним из самых ключевых игроков клуба в сезоне: только Джонатан Та сыграл больше(2.939 минут). Кай забил 17 голов и сделал четыре голевых передачи, что сделало его лучшим бомбардиром красно-черных в сезоне.
20 ГОЛОВ
17 ГОЛЕВЫХ
31 РЕЗУЛЬТАТИВНОЕ ДЕЙСТВИЕ В 42 МАТЧАХ
«Васко да Гама»
«Герта»
«Андерлехт»
«Айнтрахт Франкфурт»
«Нюрнберг»
«Байер 04 Леверкузен» U19
«Байер 04 Леверкузен» U19
«Байер 04 Леверкузен» U19
«Байер 04 Леверкузен» U19
«Арсенал»
«Монако»
«Зандхаузен»
«ПСВ» U21
-
Без клуба
«Санкт-Паули»
«ДАК Дунайcка Cтреда»