Руди Фёллер и Ко. отреагировали на уход Юлиана Брандта в Дортмунд покупкой Керема Демирбая и Надима Амири. Оба игрока перешли в Леверкузен из «Хоффенхайма». Также из «ПСЖ» был куплен Мусса Диаби, а из «Аякса» взят Дэйли Синкгравен. Адриан Станилевич перешел из молодежной команды U-19 в основной состав.

В первом матче нового сезона Бундеслиги «Байер» дома победил новичков лиги «Падерборн» со счетом 3-2. Следом были получены еще три очка в матче против дюссельдорфской «Фортуны» (3-1), а также сыграна безголевая ничья с «Хоффенхаймом». Дальше последовало очень болезненное поражение 0-4 от дортмундской «Боруссии».

Леверкузенцы начали Лигочемпионскую кампанию в середине сентября домашним матчем против московского «Локомотива». Гости открыли счет уже на 15 минуте. Через 10 минут Бенедикт Хёведес, выступавший тогда за «Локо», забил в свой ворота. Однако перед перерывом, на 37 минуте, железнодорожники снова отличились. Во втором тайме голов не было и матч закончился поражением со счетом 1-2.

В Рейнской области становится все прохладнее, а результаты «Байера» не внушают особого оптимизма. Леверкузен не смог выиграть ни одну игру из первых пяти в октябре. Команда под руководством Петера Боша находится на грани вылета из Лиги Чемпионов, проиграв также «Ювентусу» 0-3 и мадридскому «Атлетико» 0-1. Только под конец октября «Байеру» удается одержать победу - в кубковом матче против «Падерборна» 1-0.

На зимний перерыв Леверкузен ушел на 6 строчке в таблице, обыграв за три дня до Рождества на выезде «Майнц» 1-0. У команды появилось время перевести дух, а руководство активизировалось на трансферном рынке. Йоэль Похьянпало ушел в аренду на полгода в «Гамбург», а Панайотис Рецос в «Шеффилд Юнайтед». К составу «Байера» присоединились Эсекиэль Паласиос(«Ривер Плейт») и Эдмонд Тапсоба(«Витория Гимарайнш»).

Начало марта для «Байера» также начиналось отлично. После победы над «Унионом» в кубке Германии, леверкузенцы одержали уверенную победу над франкфуртским «Айнтрахтом» 4-0. 11 марта «Байер» отправился в Шотландию на матч Лиги Европы против «Рейнджерс». Но на горизонте уже маячил коронавирус. На тот момент было непонятно, как все это отразится на футболе, так что сама игра была под вопросом. В конце концов матч всё же решили провести, в котором «Байер» уверенно обыграл хозяев 3-1 на переполненном 50.000 «Айброксе». Через день становится ясно, что это последний европейский топ-матч, сыгранный на глазах у зрителей.

Во время локдауна и приостановки всех соревнований DFL во главе с Кристианом Зайфертом, вместе с клубами, политиками и медиками разрабатывают комплексный план по безопасности и гигиене, чтобы возобновить проведение матчей. После тренировок в небольших группах, в начале мая леверкузенцы собираются на полноценную тренировку - с постоянными тестами на коронавирус - впервые за 57 дней. Политики дают зеленый свет на проведение футбольных матчей.

Этот день наконец-то настал - 18 мая: леверкузенцы провели первый матч после возобновления сезона. За день до этого Ларс Бендер и Ко. уже успели прочувствовать новую атмосферу без зрителей, смотря матчи по ТВ в карантинном отеле. Команда Петера Боша в понедельник вечером играла на выезде в Бремене и одержала победу 4-1. Затем последовала еще одна победа на выезде над менхенгладбахской «Боруссией» 3-1 и первое поражение в домашних стенах «Вольфсбургу» 1-4.

Жеребьевка была благосклонна к «Байеру»: в полуфинале леверкузенцы должны были сыграть с командой третьего дивизиона «Саарбрюккен». Игра проходила на выезде, но из-за новых противоковидных правил болельщиков на трибунах не было. «Байер» на классе обыграл соперника со счетом 3-0. Леверкузен вышел в финал четвертый раз в истории и должен был сразиться с мюнхенской «Баварией» на Олимпийском стадионе в Берлине.

После приземления в Берлине, команда отправилась в отель на Потсдамской площади. В день матча, леверкузенцы завершают обязательную прогулку во второй половине дня. Примерно за два часа до начала матча два клубных автобуса покидают гостиницу. Матч начался в 21-00 по московскому времени. По истечении получаса немецкий рекордмайстер уже вел 2-0, а на 60 минуте Роберт Левандовски делает счет 3-0. Но «Байер» быстро отвечает и на 64 минуте Свен Бендер отыгрывает один гол. На 90 минуте Левандовски забивает снова. На пятой добавленной минуте Кай Хаверц ставит точку в матче забивая пенальти. «Бавария» забирает кубок.

Сезон закончен для «Байера» - но только не на евроарене. В ответном матче с «Рейнджерс» леверкузенцы побеждают со счетом 1-0 и выходят в четвертьфинал. Финальная часть Лиги Европы проводилась в Германии, и полуфинал кубка «Байер» играл в Дюссельдорфе против миланского «Интера». К сожалению, леверкузенцы уступили со счетом 1-2 и вылетели из турнира.