В Леверкузене он не сразу стал своим. В первые два сезона он может занести себе в актив звание вице-чемпиона Германии и солидное число матчей в составе первой команды. Но бесспорно, основным он не был ни у Даума, ни у его преемников Ханса Хуберта Фогтса и Томаса Хёрстера.
Прорыв случился в сезоне 2001/2002. На тренерский мостик пришел Клаус Топмёллер, который проведет просто феноменальный, во всех смыслах, сезон. Именно при нем мы увидели нового, потрясающего Шнайдера, уверенного в себе и своих возможностях. Настоящая «золотая» голова: один его пас, словно нож, мог «разрезать» всю оборону противника; передачи на 40-50 метров с удивительной регулярностью находили своих адресатов; скорость поражала: Бернд справлялся с задачей закрывать весь правый фланг, успевая как терзать чужих защитников, так и «гасить» атакующий порыв оппонентов. С мячом на «ты»: более техничного футболиста, по признанию большинства специалистов, в начале ХХI века в Германии просто не существовало. Тот год открыл нам не только Шнайдера. Из той великолепной команды до сих пор говорят о Лусио, Баллаке, Зе Роберто, Бербатове, пусть последний в то время основным ещё не был. Они играли действительно здорово, но удача отвернулась от «фармацевтов». Финал Кубка Германии был проигран «Шальке», в чемпионате команда умудрилась растерять преимущество в пять очков за три тура до финиша над идущей второй дортмундской «Боруссией», а в Лиге чемпионов, добравшись до исторического для себя финала, не реализовала огромное количество голевых возможностей, уступив «Реалу» 2:1.